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Dans la première moitié du XVII^ème siècle, on ne s'intéresse toujours pas au cortex. L'attention était encore portée sur le système ventriculaire qui, suivant la tradition grecque, était le centre de la production et de stockage des esprits animaux et psychiques essentiels. Vers le milieu du siècle, une révolution se fit jour. SYLVIUS et Thomas WILLIS établirent de remarquables planches anatomiques et affirmèrent que le cortex avait des fonctions spécifiques.
Dans le même temps, Descartes soutenait que la glande pinéale était le siège de l'âme qui gouverne le corps humain. La pinéale contrôlait le courant des esprits animaux dans les ventricules, alors que le cortex cérébral ne jouait aucun rôle dans sa théorie. Nous sommes à la charnière de deux mondes.


1619 : Les cellules cérébrales sont ébauchées et l'œil de l'imagination crée des images virtuelles. C'est l'œil de l'esprit.	1619 : Sur ce schéma de Fludd, Le système cellulaire se complique terriblement. Chaque cellule est double ou triple et reliée à un autre monde extra-corporel. la cellule du milieu est ainsi reliée à des constellations extra-corporelles et sensibles. Cette complexité annonce la fin de la théorie cellulaire. .
Deuxième moitié du siècle : Les grands anatomistes: Willis, Sylvius, Stenon, Vieussens.

Le polygone de Willis. Schéma de Willis en 1672	De anima brutorum de Willis en 1672. Willis mit un point final à la localisation ventriculaire de la fonction cérébrale et proposa trois aires dans le cerveau : le corps strié, le corps calleux et le cortex cérébral. Il est notable que l'aspect des circonvolutions est plat et sans vie.